甲DNA微阵列,也被称为DNA芯片或DNA微阵列,由锚定到可变材料,无论是塑料或玻璃的物理支撑的一系列DNA片段的。每条DNA代表一个与特定基因互补的序列。
微阵列的主要目的是对某些目的基因表达的比较研究。例如,通常将该技术应用于两个样品-一个处于健康条件下而一个病理-以便鉴定哪些基因正在表达,而哪些基因不在该条件下。所述样品可以是细胞或组织。
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通常,由于使用了荧光分子,可以检测和定量基因的表达。在大多数情况下,芯片的操作由机器人完成,并且可以同时分析大量基因。
从蛋白质组学和基因组学领域的医学诊断到各种分子生物学研究,这项新颖的技术可用于多种学科。
它由什么组成?
DNA(脱氧核糖核酸)微阵列是一组附着在固体基质上的特定DNA片段。这些序列与要研究的基因互补,每cm 2最多可以有10,000个基因。
这些特征允许对生物的基因表达进行系统和大量的研究。
细胞需要运行的信息以称为“基因”的单位进行编码。某些基因包含创建称为蛋白质的基本生物分子的说明。
如果某个基因的DNA被转录成中间信使RNA分子,那么该基因就被表达出来,并且该基因的表达可以根据该DNA片段的转录水平而变化。在某些情况下,表达的改变可能指示疾病。
杂交原理使微阵列的操作成为可能。DNA是由四种类型的核苷酸组成的分子:腺嘌呤,胸腺嘧啶,鸟嘌呤和胞嘧啶。
为了形成双螺旋结构,腺嘌呤与胸腺嘧啶和胞嘧啶与鸟嘌呤结合。因此,两个互补链可以通过氢键连接。
微阵列类型
就微阵列的结构而言,有两种变体:定制的互补DNA或寡核苷酸,以及由商业公司生产的商业高密度微阵列,例如Affymetrix GeneChip。
第一种类型的微阵列允许在单个芯片上分析来自两个不同样品的RNA,而第二种类型是商业类型,并具有大量基因(例如,Affymetrix GeneChip具有大约12,000个人类基因),可以进行分析一个样品。
处理
RNA分离
使用微阵列技术进行实验的第一步是分离和纯化RNA分子(可以是信使RNA或其他类型的RNA)。
如果要比较两个样本(健康与生病,对照与治疗等),则必须在两个组织中进行分子分离。
cDNA的生产和标记
随后,在标记核苷酸的存在下对RNA进行逆转录过程,从而获得互补的DNA或cDNA。
标记可以是荧光的,并且必须在要分析的两个组织之间有区别。以传统的方式,使用荧光化合物Cy3和Cy5,因为它们发射不同波长的荧光。在Cy3的情况下,它是接近红色的颜色,而Cy5则对应于橙色和黄色之间的光谱。
杂种
将cDNA混合并在DNA微阵列中孵育,以使两个样品中的cDNA与固定在微阵列固体表面的部分DNA杂交(即发生结合)。
与微阵列中的探针杂交的更高百分比被解释为相应mRNA的更高组织表达。
系统阅读
通过结合阅读器系统对表达进行定量,该阅读器系统将颜色代码分配给每个cDNA发出的荧光量。例如,如果使用红色标记病理状况并以较高比例杂交,则红色成分将是主要成分。
使用该系统,可以知道在两种选定条件下分析的每个基因的过表达或抑制。换句话说,在实验中评估的样品的转录组是已知的。
拉尔索诺,来自Wikimedia Commons
应用领域
当前,微阵列在医学领域被认为是非常强大的工具。这项新技术可以诊断疾病,并更好地了解在不同医学条件下基因表达如何被修饰。
此外,它允许比较对照组织和用某种药物治疗的组织,以便研究可能的药物治疗的效果。
为此,在给药之前和之后比较正常状态和患病状态。通过研究药物对体内基因组的作用,我们对其作用机理有了更好的了解。同样,可以理解为什么某些特定药物会导致不良副作用。
癌症
癌症在用DNA微阵列研究的疾病中居首位。该方法已经用于疾病的分类和预后,特别是在白血病的情况下。
该病的研究领域涉及对癌细胞分子碱基的压缩和表征,以发现导致细胞周期调节和细胞死亡(或凋亡)过程失败的基因表达模式。
其他疾病
通过使用微阵列,有可能阐明在过敏,原发性免疫缺陷,自身免疫性疾病(例如类风湿性关节炎)和传染性疾病的医学状况下基因的差异表达谱。
参考文献
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